本中心設主任一人,綜理本中心業務,並設副主任二人,輔佐主任襄理本中心業務。主任下分為十組,除行政服務組、企劃推廣組、資訊技術、及實驗技術之外,設置研發組六組,分別為建物組、橋梁組、大地組、強地動組、結構控制組及震災模擬組等,得視實際研究方向需要機動性調整編組。除此之外,另設置南部實驗組推動南部分中心之成立。

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