本中心設主任一人，綜理本中心業務，並設副主任二人，輔佐主任襄理本中心業務。主任下分為十組，除行政管理組、企劃推廣組、資訊技術、及實驗技術之外，設置研發組六組，分別為建物組、橋梁組、大地組、強地動組、結構控制組及震災模擬組等，得視實際研究方向需要機動性調整編組。除此之外，另設置南部實驗組推動南部分中心之成立。
